Cell | 建立人类树突状细胞膜与辅助性T细胞膜相互作用模型

细胞会-细胞会互为作用异常多所发，还包括大量分子结构与瞬时通路，学界钻研多年，仍旧是管中的窥豹。来自法国巴黎PSL学术研究大学的Vassili Soumelis团队于在Cell时尚杂志上公开发表题为A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的社论，建立联络了试验与分析方法融为一体的学术研究分析方法，试验上，在蛋白质准确度检测了细胞会所排泄的细胞会因子与应激反应；分析方法上，建立联络了瞬时输入驱动中间的联络和互为作用间的关系。著者以生命体大脑皮层管状细胞会（Dendritic cell，通称DC）与辅助性T细胞会（T Helper cell，通称Th）中间的互为作用为学术研究相当一定，分析了36例DC无关的瞬时分子结构和17种Th排泄的细胞会因子，并仅靠这些数据集建立联络数学仿真，演算出56种早已被试验属实的细胞会互为间的关系，与此同时，还断定出290种可能间的关系，并属实了IL-12p70可以通过IL-1瞬时通路抑制17型式辅助性T细胞会（通称Th17）。首先，著者采集了生命体单核细胞会来源的DC（MoDCs）和肺脏血液CD11c+DC（bDCs）两类细胞会，并诱因24小时。所使用的诱因瞬时主要包含三大类总共14种。第一种：内源瞬时分子结构，有数干扰素beta（interferon β，通称IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll所发蛋白的选择性，有数Toll4蛋白的选择性脂多糖（ lipopolysaccharide，通称LPS），Toll1/2蛋白选择性PAM3CSK4，Dectin1选择性Curdlan，Toll2/Dectin1选择性 zymosan，Toll7/8蛋白选择性R848，Toll3蛋白选择性 poly(I：C) 和NLRP3呼吸道小体活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，有数高温灭活的Candida albicans （通称HKCA），李斯特菌（Listeria monocytogenes，通称HKLM），Staphylococcus aureus （通称HKSA）， Streptococcus pneumoniae （通称HKSP）和流感病毒（influenza virus，通称flu）。接仍然，著者通过流式细胞会术等分析方法，检测了36种DC无关分子结构的表述原因，其中的，29种属于细胞会表面，7种属于细胞会排泄上明末清初中都的。结果显示，除了一些存留的DC细胞会作出反应都是，著者还有了一些属于自己注意到：（1）zymosan诱因的MoDCs 表述上佳的CD54 和PVR；（2）流感病毒诱因的MoDCs可以抑制ICOSL；（3）LPS诱因的MoDCs 可以抑制上佳的CD30L和CD83。再仍然，著者将这些诱因过的DC与T细胞会培养出来6天，随后检测Th的增殖效率以及17种Th无关细胞会因子的表述排泄原因。有趣的是，著者将Th和DC的表现互为比较，注意到，这彼此间相当存在一一对应的间的关系，也就是说，两种诱因物对DC产生的效用类似，但是，这两种诱因物所处理的DC与T细胞会培养出来之后，产生的效用很可以截然不同。接着，著者使用生物讯息学的分析方法，以上述试验数据集建立联络仿真。简单来说，著者综合DC驱动的36种瞬时分子结构和Th驱动的17种畸变分子结构，将两两中间的间的关系简化为“更进一步抑制”和“连续性抑制”两种，并且，还申请加入数据集库和已公开发表史料中的的讯息，建立联络了多所发的瞬时抑制网络服务。例如，通过这一仿真，著者注意到， IL-10的连续性抑制分子结构有数OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而更进一步抑制分子结构有数Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这所发，给予DC不同的诱因瞬时，著者就可以断定Th作出反应细胞会IL-10的表述排泄原因。之前，著者来进行这所发仿真，试左图断定并属实属于自己细胞会互为间的关系。通过建立联络的仿真，著者注意到，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2一同排泄时，排斥于抑制IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 一同出现时，则更排斥于抑制IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的表述准确度都显着降低。这些结果明确指出，IL-12参与Th17的抑制发挥作用。为了进一步阐释IL-12抑制Th17的机制，著者使用体外抑制Th的仿真，注意到，IL-12相当能如此一来抑制Th17，但是，同时申请加入IL-1和IL-12，Th17就抑制出来了。这是一篇试验与分析方法融为一体的佳作。试验结果与计算建模互为支持，互为指导工作，相得益彰。如下左图请注意，试验部份使用了融洽相似性两部份数据集，一是何种诱因下DC细胞会的作出反应，二是作出反应后的DC对T细胞会的作用。分析方法部份以DC和T细胞会的驱动细胞会因子为整体，建立联络了细胞会因子中间的更进一步和连续性抑制网络服务仿真。通过这一仿真，著者预测出一些属于自己细胞会间互为间的关系，再次再用试验属实这些间的关系是否属实。这篇社论的看点有两处，一是建立联络和试验分析方法融为一体学术研究的范本，二是社论中的透过的诸多细胞会抑制讯息以供学术研究概述。更早出处：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.